Software soll Genforschung retten
Die Gentechnik hat ihre rasanten Fortschritte der letzten Jahre nicht zuletzt spezieller Software und der explodierenden Rechenleistung zu verdanken.
Der IT-Faktor dürfte jetzt für Branche allerdings noch wichtiger werden als bisher: In den letzten Monaten wurde nämlich die Kritik an der Exaktheit der bisher erstellten Gendatensätze immer lauter - und zur Fehlerbeseitigung benötigen die Genforscher noch schnellere Rechner und vor allem weiter entwickelte Softwarelösungen.
Unter anderem IBM und Sun haben jetzt vor diesem Hintergrund eine neue Software-Plattform gegründet, die den einfachen Austausch und Abgleich von Gensätzen, die in verschiedenen Systemen abgelegt sind, ermöglichen soll.
Ohne die Hilfe von Supercomputern können Genetiker der Datenflut des menschlichen Erbgutes schon lange nicht mehr Herr werden. Sowohl bei der Entschlüsselung als auch beim Verständnis der Gene helfen schnelle Rechner.
Supercomputer als wichtigstes InstrumentFehlerhafte Prestigeprojekte
Ein Jahr nach der mit großem Medienrummel verkündeten Entschlüsselung des menschlichen Erbguts durch das Human Genome Project und die kommerzielle Firma Celera müssen sich die Akteure eingestehen, dass ihre Datensätze alles andere als fehlerfrei sind.
Spätestens nachdem der Stanford-Professor Samuel Karlin im Wissenschaftsmagazin "Nature" unlängst nachgewiesen hat, dass die vergleichweise kleine Gensequenz der Fruchtfliege "Drosophila" aus dem Hause Celera vor Fehlern nur so strotzt, ist die Euphorie in der Branche einer gründlichen Ernüchterung gewichen.
Die kommentierte "Drosophila"-Sequenz galt bis dahin als eines der Prestigeprodukte Celeras. Jetzt wird befürchtet, dass die beiden Datensätze des menschlichen Erbgutes ähnlich fehlerhaft und damit für die weitere Forschung zunächst wertlos sind.
Genforscher haben im Februar die neueste detaillierte Karte des menschlichen Erbguts vorgelegt.
Kleines Lexikon der GentechnikRechenjob
Die Genbranche muss jetzt nach der ersten Ernüchterung schnell ihre Hausaufgaben machen, um das Vertrauen der öffentlichen und privaten Geldgeber nicht zu verlieren.
Dazu benötigt sie vor allem leistungsfähige Software, die verschiedene Datenbanken der gleichen Gene miteinander abgleichen kann und Fehler dabei möglichst selbstständig ausmerzt.
Ein neuer Ansatz für diese Aufgabe ist das auf der Fachkonferenz "BIO 2001" ins Leben gerufene "Interoperable Informatics Infrastructure Consortium" [I3C], dem neben IBM und Sun noch rund 40 weitere Unternehmen und Organisationen angehören.
I3C soll offene Codes wie XML und Java verwenden, um den Austausch zwischen verschiedenen bestehenden Systemen zu erleichtern.
Interoperable Informatics Infrastructure Consortium